东宫奉祀北宋神医吴本。吴本，又称吴真人、大道公、保生大帝，同安白礁人。东宫原为五殿。据说，南明永历十五年（1661年），郑成功率师东征，收复台湾。出征前到东宫向保生大帝许愿，请大道公随船护航助战，收复台湾后重建东宫。

    可台湾收复后，青礁已是清朝治下，无法还愿。于是，郑成功命在台南学甲镇建造慈济宫。从此，吴真人就在台湾生根。郑成功的“忠贞军”的闽南子弟约定在每年三月十五日在学甲遥祭大陆的祖宫，称之为“上白礁”，成为惯例，延续至今。如今，台湾有供奉保生大帝的宫庙200多座，善信甚众。 　　 　　

    东宫建筑为双曲燕尾歇山式，12根龙柱气魄非凡，尤以二根花瓶柱甚是奇特。木雕也甚精湛，且无蜘蛛结网。据说是用了唐伯虎作画颜料配方的缘故。彩绘更是精美。前殿左廊天花板上的凤头、龟背、龙爪、狮足、虎腿、白泽尾，背驼红袱大印的“鸱龟”，在闽南宫庙中极为罕见。 　　 　　

    吴真人住过的草庐龙湫庵近年进行了重建，规模也扩大了许多，集中了丹灶、药臼、药泉三圣迹，这还是吴本当年使用过的原物，一千多年风貌依旧，极为珍贵。